『医療費25万・ふるさと納税5万』を確定申告→「税金が戻る」はずが…3ヶ月後、税理士の一言に40代男性が“驚愕したワケ”

2026.7.16

こんにちは！税理士・元国税調査官の神崎遊です。

「医療費の支払が多かった」「ふるさと納税をした」なので、税金が戻ってくる。

半分正解で、半分不正解です。「税金が戻る」と思っていたのに、実際には所得税が1円も戻らないケースがあります。

そんな思い込みをしていた41歳男性・Yさん（仮名）の紆余曲折あったストーリーをお伝えします。

「確定申告すれば戻る」と思っていたのに…

証券会社で営業をしているYさん。営業成績によるインセンティブ次第で年収が大きく変わるのですが、成績が低迷中。

しかも、6年前に、新築で住宅を購入しており「住宅ローンもあるから頑張らなきゃ」とプレッシャーを感じていました。

ある日、急な腹痛でその場でうずくまってしまいました。「すぐ病院に行くよ」と妻に言われ、胃腸炎と診断されてから、しばらく通院することとなったのです。

年末には調子を取り戻し、「回復祝いに豪勢な食事をしようよ」と妻から言われました。ふるさと納税をして、返礼品で豪華食材をゲットしようという提案です。

出費の多い年でしたが、医療費の約25万円（※医療費控除の対象となるのは、原則として総額から10万円を差し引いた約15万円分）と、ふるさと納税の5万円は「確定申告をすればある程度戻ってくるはず」と考えていました。そう思って、還付金を楽しみにしていたのですが3ヶ月後、確定申告を頼んだ税理士から言われた一言で、再び胃が痛くなりました。

還付されなかった本当の理由

「住宅ローン控除の効果が大きくて、年末調整で所得税は全額還付されています」
Yさんは会社員のため、会社で1年間の税額を計算して清算する、年末調整が行われていました。

しかも、住宅ローン控除を受けることができたことから、その年の「源泉徴収税額」は0円でした。その結果、毎月天引きされていた所得税も全額還付されていました。

「え？医療費とふるさと納税した分は戻ってこないということですか？」

医療費控除やふるさと納税（寄附金控除）で所得税が還付される場合でも、還付されるのは納めた所得税の範囲内です。すでに年末調整で所得税が全額還付されている場合は、それ以上所得税は戻りません。

所得税は戻らないけど…

例えば、Yさんが1年間で給与から約12万円の所得税を天引きされていたとします。しかし、住宅ローン控除の適用によって、その12万円が年末調整で全額還付され、所得税は0円となります。

その後に医療費控除やふるさと納税（寄附金控除）の確定申告をしても、還付される所得税そのものが残っていないため、所得税はそれ以上戻りません。

ふるさと納税については翌年の住民税から減額されます。医療費控除分も、翌年度の住民税（所得割）が軽減されます。ただし、所得税のように「数ヶ月後に現金が口座に振り込まれる（還付される）」わけではなく、「翌年6月以降に支払う住民税が毎月少しずつ安くなる」という形になります。手元にすぐ現金が戻ってくるわけではないというタイムラグ（仕組みの違い）は頭に入れておきましょう。

「まったく無駄ではなくて安心しました」

還付を期待する前に確認したいこと

ふるさと納税の返礼品で「自家製のうなぎ超特上を作りました」と、すっかり元気になったYさん。「来年は確定申告の前に、まず源泉徴収票を確認しますね」と伝えてくれました。

源泉徴収票は、確定申告だけでなく、自分が納めた所得税や年末調整の結果を確認するためにも大切な書類です。紛失しないよう保管しておきましょう。

執筆：税理士・元国税調査官神崎遊

国税組織で12年間勤務し、法人税調査を中心に200件以上の税務調査に従事。現在は「ゆとり税務会計」を運営し、中小企業・個人事業主の税務支援を行っている。